Nach der Genfer Konferenz "Atoms for Peace" im Jahr 1958 wurde in der Bundesrepublik Deutschland mit der friedlichen Nutzung der Kernenergie in Kernkraftwerken begonnen. Zur Schließung des nuklearen Brennstoffkreislaufes wurde bereits Anfang der 60er Jahre die Wiederaufarbeitung von Kernbrennstoffen aktiv verfolgt. Auf Initiative der chemischen Industrie beschloss die Bundesregierung, als Ergänzung zur deutschen Beteiligung an der internationalen Wiederaufarbeitungsanlage der EUROCHEMIC in Belgien, den Bau einer eigenen Wiederaufarbeitungsanlage.
Die Wiederaufarbeitungsanlage Karlsruhe wurde in den Jahren 1967 bis 1971 durch das Forschungszentrum Karlsruhe als Bauherr errichtet. Die Betriebsführung der Anlage wurde der, von der chemischen Industrie 1964 gegründeten, Gesellschaft zur Wiederaufarbeitung von Kernbrennstoffen mbH (GWK) übertragen.
1979 ist die GWK von der Deutschen Gesellschaft für Wiederaufarbeitung von Kernbrennstoffen mbH (DWK), einer Tochter der deutschen Elektrizitätswirtschaft, übernommen worden. Die GWK hat danach unter dem Namen Wiederaufarbeitungsanlage Karlsruhe Betriebsgesellschaft mbH (WAK BGmbH) bis zur Stilllegung 1990 den Wiederaufarbeitungsbetrieb und danach den Restbetrieb und den Rückbau der Anlage durchgeführt.
2006 wurde die WAK BGmbH von der bundeseigenen EWN GmbH übernommen und firmiert seither unter dem Namen Wiederaufarbeitungsanlage Karlsruhe Rückbau- und Entsorgungs- GmbH (WAK GmbH). Gleichzeitig wurde das Aufgabenspektrum der Gesellschaft um den Betrieb und den Rückbau der Verglasungsanlage erweitert.